Não. Excluir, ocultar ou recusar a visualização de um boleto no DDA do seu banco apenas remove a exibição da cobrança da tela do aplicativo bancário. Essa ação não cancela a cobrança nem altera ela junto ao beneficiário final.
Caso você não reconheça a cobrança ou discorde do valor registrado, não efetue o pagamento no seu banco e entre em contato diretamente com a empresa beneficiária para solicitar o cancelamento ou esclarecer a origem do boleto.