Ela é um mecanismo de autoproteção do comprador. Pense no cenário: você (comprador) atrasou o pagamento de um boleto, foi cobrado pelo fornecedor com juros, pagou tudo - mas o fornecedor não emitiu a Nota de Débito correspondente.
Sem essa nota, você pagou um valor e pode ter IBS/CBS de crédito que não estão sendo aproveitados. A Nota de Crédito de multa e juros permite que você mesmo emita um documento de entrada para reconhecer esse direito ao crédito.