Sim, você pode cancelar a nota, mas a ação depende do momento em que o erro foi identificado. Como não há circulação física de mercadorias nessa operação, aplique as seguintes regras:
Se você estiver dentro do prazo de cancelamento da NF-e: cancele a nota normalmente pelo sistema.
Se o prazo de cancelamento já passou: não existe um instrumento para retificar ou alterar uma Nota de Débito de perda em estoque que já foi autorizada. Nesse caso, procure o seu contador para que ele oriente a melhor forma de regularizar a situação.
Para evitar contratempos, sempre confira os itens, as quantidades e a nota de compra referenciada antes de confirmar a emissão.