Se a mercadoria foi perdida durante o transporte e não chegou até a sua empresa, a Nota de Débito de perda em estoque não deve ser emitida. Esse tipo de situação é resolvido com o registro de um evento de transporte.
A responsabilidade pelo registro desse evento depende de quem contratou o frete:
Se o fornecedor contratou o frete (CIF): O próprio fornecedor registra o evento de perda no transporte e refaz o débito da nota. Você não precisa emitir nenhum documento.
Se a sua empresa contratou o frete (FOB): A sua empresa é responsável por registrar o evento de perda no transporte. Ainda assim, não é necessário emitir uma Nota de Débito.
Para facilitar, a regra principal é a entrega: se o produto chegou até você, é considerado perda em estoque. Se foi perdido no caminho, trata-se de um evento de transporte.